在中国，注册公司是一个复杂的过程，涉及到多个方面的法律和财务问题。其中，税务问题是最重要的一环。对于在舟山注册的公司，也不例外，它们需要遵守中国税法的规定，并根据业务性质和规模缴纳相应的税费。

任何在舟山注册的公司都需要缴纳企业所得税。根据中国的税法，企业所得税的标准税率为25%。这意味着公司在扣除成本、费用和损失后，其净利润的25%需要上交国家。对于符合条件的小型微利企业，可以享受更低的税率，这是为了鼓励小企业的发展。

除了企业所得税外，公司还可能需要缴纳增值税（VAT）。增值税是一种消费税，适用于在中国销售商品和提供服务的企业。增值税的税率根据产品或服务的类别不同而有所变化，常见的税率有6%，9%和13%。例如，销售货物通常适用13%的税率，而提供咨询服务则可能适用6%的税率。

此外，舟山的公司还需缴纳地方税种，包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。这些税种通常是基于企业所得税或增值税的缴纳基数来计算的。

舟山地区还可能涉及到房产税和土地使用税。如果公司拥有或使用房地产，可能需要根据房产的评估值缴纳房产税。同样，使用土地也可能需要支付土地使用税。

除了上述税费外，公司还应当关注员工的个人所得税问题。公司需要代扣代缴员工的个人所得税，并且要确保遵守社会保险和公积金的相关规定。

总之，舟山注册公司在税务处理上需要注意的问题较多，建议在注册公司之前，咨询专业的税务顾问或财务专家，以确保符合所有相关法律和规定，并合理规划税务，以减轻税务负担。

在文章的结尾，我们总结几个关于舟山注册公司税务的常见问题：

Q1: 在舟山注册公司需要交哪些主要税种？ A1: 主要税种包括企业所得税、增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、房产税和土地使用税等。

Q2: 舟山注册的小型企业有税收优惠政策吗？ A2: 小型微利企业可以享受较低的企业所得税率，具体政策可以咨询当地税务局或专业税务顾问。

Q3: 外资企业在舟山注册需要注意哪些税务问题？ A3: 外资企业除了需要缴纳常规的税种外，还需注意跨国税务规划和国际双重征税问题。

Q4: 如何处理公司员工的个人所得税？ A4: 公司需要代扣代缴员工的个人所得税，并按月向税务机关申报。

Q5: 如果公司业务涉及多地区，税务处理有何不同？ A5: 如果业务涉及多地区，需要根据各地税法规定分别计算和缴纳税款，建议咨询具有多地税务处理经验的专业人士。